1938年，冯文华同志在安徽巢县他的家乡，组织了一支抗日游击队，任大队长。一度编入东北抗日流亡挺进队。马忍言任巢县县长时，改作巢县县属武装---巢县抗日大队，冯仍任大队长（简称巢抗）。蒋介石由溶共、限共、到反共，驻安徽省的桂系军阀追随蒋介石参加到反共行列，将马忍言调离巢县，换来一个反共分子当县长，巢抗也就无法继续归巢县了。冯就毅然率队仍归新四军建制。

　　1939年初，巢抗与八团二营配合，在含山、和县地区进行抗战活动。4月，巢抗与八团警卫营一部合编为八团第一营。冯文华调任五支队副参谋长。

　　1941年，江北指挥部军政干部学校改为抗大第八分校，张云逸兼校长，冯文华任教育长。

　　1946年，蒋介石发动了全面内战。解放区军民为反对内战，组成野战军、地方军、民兵。1947年3月，冯文华调任华东野战军第七纵队参谋长。

　　1949年，淮海战役后，为渡过长江开辟新区准备干部，冯文华被调任华东野战军教导师师长。

　　1949年，华野渡江作战中，缴获了国民党海军一些舰艇，及国民党海军第二舰队起义带来的舰艇，加上渡江前起义的黄安舰，重庆舰，组成人民解放军华东海军。冯文华调华东海军工作，任军训处长，后调任军委海军军训部长。

　　1955年，冯文华被授予大校军衔，后调国家体育运动委员会，任海军组组长。